Wynikiem operacji NOT - różnicy dwóch zbiorów jest zbiór zawierający wszystkie elementy pierwszego zbioru, które jednocześnie nie należą do drugiego zbioru.  Tak więc jeśli A i B są terminami reprezentującymi dwie klasy dokumentów,  zaindeksowanych  odpowiednio terminami A i B, rezultatem negacji logicznej klas A i B jest klasa dokumentów  zaindeksowanych terminem A, lecz nie zaindeksowanych równocześnie terminem  B. Symbolem używanym do oznaczanie operacji  negacji jest "NOT". Operatora NOT należy używać z dużą ostrożnością, gdyż może on łatwo wywołać niezamierzoną utratę  istotnych materiałów. Na przykład żądanie  wyszukania może dotyczyć dokumentów dotyczących osób niewidomych, jednakże z wyłączeniem dzieci niewidomych. Zapytanie mogłoby być sformułowane następująco:

D:"NIEWIDOME OSOBY" NOT D:"NIEWIDOME DZIECI"

Jednak jest wysoce  prawdopodobne, że dokument na żądany temat  będzie zawierać  rozdział  o dzieciach niewidomych. Dokument ten w wynika tak sformułowanego zapytania nie zostanie odnaleziony. 

Należy również pamiętać, że w przeciwieństwie do sumy logicznej  i iloczynu logicznego, operacja negacji nie daje takiego samego wyniku  po zmianie kolejności operatorów. Tak więc A NOT B nie oznacza tego samego co B NOT A (z wyjątkiem przypadku, gdy A i B reprezentują ten sam zbiór).

Uwag:  Nie używaj operatora (negacji) jako pierwszego w kolejności w dany wyrażeniu wyszukiwawczym. Np. zapytanie

NOT D:"NIEWIDOME DZIECI" AND D:"NIEWIDOME OSOBY"

jest niepoprawne.